Fehérje-térszerkezeti illesztőmódszer gyorsítása FPGA technológiával

előadás

A februári Budapest Science Meetup-on Goretity Árpád (PPKE - Molekuláris Bionika) fehérje térszerkezetek bioinformatikai módszerekkel történő összehasonlításáról és ezek gyorsításának lehetőségeiről beszélt.

Forrás

Az előadó összefoglalója:

A modern evolúcióbiológiai és orvostudományi alapkutatás szerves része, nélkülözhetetlen támogatója a bioinformatika. A biológiai adatok számítógépes feldolgozásának gyorsasága lehetővé teszi olyan elemzések, összehasonlítások és szimulációk elvégzését, amelyeket kísérletesen egyáltalán nem, vagy csak nagyon hosszú idő alatt és rendkívül költségesen lehetne megvalósítani. Az egyik legnagyobb horderejű bioinformatikai módszer a fehérjék szerkezeti összehasonlítása. A fehérjék az élő szervezetek alapvető építőkövei, és szerkezetük gyakran összefügg az általuk ellátott feladatokkal, biológiai funkciókkal, így annak a megismerése közvetlenül hasznos, értékes tudáshoz juttatja a kutatókat.

Sajnos a jelenlegi szerkezeti illesztőalgoritmusok jellemzően igen lassúak. Nagyobb fehérjeadatbázisok feldolgozásához tehát új metódusokra van szükség. Egy lehetséges megközelítés a hagyományos számítógépek használata helyett specializált célhardver létrehozása, amelyet munkámban a méltán népszerű FPGA technológiával valósítottam meg. Az eredmények ígéretesek: a célhardvertől akár több nagyságrendbeli gyorsulást, hatékonyságnövekedést is várhatunk.

A címlapi kép forrása: Protein Data Bank/Wikipedia

Kapcsolódó cikkek
Legfrissebb videóink

Fentről jött, hogy ebből az ügyből nem lehet semmi – mit vizsgál a bizottság, ahol visszatért Varga Judit?

Varga Judit színrelépése a családi botrány miatt maradt emlékezetes, a bizottság viszont, ami előtt megjelent, súlyos ügyeket vizsgál. Itt beszélt a volt főügyész arról, hogy a Völner-Schadl nyomozás közben megüzenték neki, le kellene állni – Rogán viszont szerinte nem nyúlt be az iratokba.

plankog, Zalavári Noémi, Vészi Sámuel, Bokros Dorka, Kovács Bendegúz
video

Varga Judit: Agyonhallgatták a jótetteimet

Lehallgatás, elmaradt tartásdíj, Tavaszi szél, Magyar Péter-i pokol - a volt igazságügy miniszter sok témát felhozott, amikor a Völner-Schadl-ügyről kérdezték a parlamentben. Az újságíróktól közben bocsánatkérést vár.

Czinkóczi Sándor, Kovács Bendegúz, Zalavári Noémi, Bokros Dorka, plankog, Vészi Sámuel
video

Ügynökaktákkal és egy AirPodsszal teniszezett a Parlamentben Magyar Péter

A volt miniszterelnök öccséről, az ügynökaktákban tévesen szereplő Lezsák Sándorról és közbiztonság állapotáról vitatkoztak hétfőn az ellenzéki pártok vezetői és Magyar Péter a napirend előtt. Magyar szerint a kormánynak nem volt dolga az aktákkal, de ha látta volna Lezsák nevét, közbeavatkozik, hiszen ismeri a rendszerváltás előtti munkásságát.

Jelinek Anna, Botos Tamás, plankog
video

Félnek a rendőröktől, de a jövőjüket még jobban féltik

Élesben néztük meg Párizsban, hogy néz ki közvetlen közelről a diáktüntetésnek indult, megélhetési tömegdemonstrációvá váló, a hírekbe a fosztogatások miatt bekerülő tiltakozási hullám. Miért vannak az utcán, mit szólnak az erőszakos jelenetekhez, hogyan reagálnak a rendőrök? Helyszíni videóriport.

Jelinek Anna, Kovács Bendegúz, plankog, Kristóf Balázs, Vészi Sámuel, Sárdi Kristóf
video

Hogy került Lezsák Sándor neve az ügynökaktákba?

Mit jelent, hogy valakit hazafias alapon szerveztek be és, hogy találták ki ügynökök sokszor fura fedőneveit? Többek között erről beszélgettünk Szekér Nóra történésszel, aki az Állambiztonsági Szolgálatok Történeti Levéltárában dolgozik.

Botos Tamás, Zalavári Noémi
video